มนูญ สิวาภิรมย์รัตน์ เกิดเมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม พ.ศ. 2508 สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี วิศวกรรมศาสตรบัณฑิต (วิศวกรรมไฟฟ้า) จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปริญญาโท Master of Science (Engineering Management) และปริญญาเอก Doctor of Philosophy (Engineering Management) จาก UNIVERSITY OF MISSOURI-ROLLA ประเทศสหรัฐอเมริกา[2]

มนูญ สิวาภิรมย์รัตน์ เป็นพี่ชายของสุทัศน์ สิวาภิรมย์รัตน์ ซึ่งเคยถูกสมาชิกพรรค ร้องกกต. ขอให้ยุบพรรค ด้วยข้อกล่าวหาที่ว่าเป็นน่ายทุนพรรค เป็นคนนอก ที่เข้ามาครอบงำพรรค[3]